アイナメは南西諸島、および太平洋側の一部を除く日本各地の沿岸に棲息する。日本以外では、朝鮮半島南部や黄海にも分布している。
アイナメ科の魚には本種のほかに、クジメ、ウサギアイナメ、スジアイナメ、エゾアイナメ、ホッケ、キタノホッケなどがいる。アイナメによく似たクジメは、ほぼ同じ海域に分布するが、黒潮流域ではアイナメよりもクジメが多く棲息する傾向にある。また、それ以外の種は東北や北海道など、主に北の海域に棲息する。

アイナメは水深100m以浅、主に20～30mの岩礁や砂礫底に棲息するが、産卵期になると浅場に移動し、稚魚のあいだも浅場に留まって生活する。
産卵期は10～１月で、寒冷地ほど早く産卵期を迎える。オスは１歳、メスは２歳で成熟する。産卵場所には浅場の礫底や岩礁が選ばれ、オスがメスを誘い込む形で産卵が行われる。この時期のオスは、体色が特徴のある黄色っぽい婚姻色となる。
卵は海底の岩や海藻の茎などに産みつけられるが、オスが同じ場所に複数のメスを誘い込んで産卵させるために、卵は大きな団子状の卵塊になる。メスは産卵期に数回、産卵を行うが、卵が孵化するまでの、およそ１ヶ月のあいだはオスが保護する。その一方で、ほかの個体が保護している卵を好んで食べることもする。
３～４月になると、体長３㎝ほどの稚魚は岩礁まわりや海藻帯で遊泳する。体長５～７㎝に成長すると底棲生活を始める。群れをつくらず単独で生活するが、ほかの魚種に比べて定住性が非常に高く、およそ2.5m四方の縄張りからほとんど出ないという観察結果もある。
昼行性で、主なエサは小型甲殻類やゴカイ類、小型の魚類。岩の隙間などに身を潜めながら、岩の表面をつついたり、目の前のエサを吸い込んだりして捕食する。
サイズは成魚で30～40㎝だが、65㎝ほどに成長する個体もいる。

アイナメは主に沿岸に棲息し、小型は防波堤などからでも手軽に釣れる。また、北海道や東北地方では岸からでも大型が狙え、強靭な道具と仕掛け（針、糸、金具などを組み合わせて作る部分）で釣るのが一般的だ。
エサ釣りの場合、使うエサはイワイソメやアオイソメが一般的。そのほかにエビ類、胴付き仕掛け（一番下にオモリを付ける仕掛）ではイワシを使うこともある。アタリは大型になるほど小さいといわれ、ひとたびハリ掛かりしたときの、頭をぐんぐん振るような抵抗は「首振りダンス」などと称される。

【ヘチ釣り】

水深のある防波堤などでは、堤防のきわにアイナメが潜んでいることが多く、クロダイのヘチ釣りのゲストとして釣れることもよくある。
釣り方は、軽いオモリで仕掛けをゆっくりと落とし込むのがコツ。スピニングリールとルアー用のライトタックルなどの組み合わせでも釣ることは可能だが、図のような繊細なヘチ竿とタイコリールの組み合わせが使いやすい。ルアータックルで釣るなら、軽めのブラクリオモリなどを使うといいだろう。

【投げ釣り】

常磐から東北、北海道では防波堤や磯からの投げ釣りも盛んだ。図は常磐、東北、北海道などで40㎝を超す大型アイナメを狙うときの仕掛けの例。タックルは腰の強い投げ竿を使う。ミチイト（竿、リールから来るメインの糸）は感度に優れたPEラインを使うことで、根（海底にある岩場）の存在などが把握しやすい。根掛かり防止のために、仕掛けはシンプルな1本バリ。テンビンも浮き上がりの速いジェットテンビンを使う人が多い。
アイナメは根まわりにいるが、根に仕掛けを直接投げ込むと根掛かり（海底の障害物に針、オモリが引っかかる）しやすいので、砂地に根が点在している場所では砂地の部分に仕掛けを留めておく方法もある。

【ルアー釣り】

ボート、あるいは磯からルアーで狙う釣り方は、近年、人気が急上昇している。
専用タックルも登場しているが、ブラックバス用ヘビーアクションのベイトタックルが流用できる。ワーム（軟質プラスティック製のルアー）はザリガニのような形をしたクロー系のものと、小魚を模したシャッド系の２種類があればいい。海底を小突いたり、岩礁の隙間に落とし込むような釣りの場合はクロー系、底近くを泳がせてくるときはシャッド系と使い分けよう。
ブラックバス釣りほどではないにせよ、キャスティング（投げる）の正確性が求められるので、リールはベイトキャスティングリールがお勧め。ラインは根ズレ（海底の岩場に糸が擦れて、切れそうになる）を考慮して、16ポンドのフロロカーボンラインを標準として考えよう。
ポイントに仕掛けを投入したら、海底をズル引き、あるいはジャンプさせながら誘ってくる。何らかの違和感を感じたら、イトフケ（糸のたるみ）を巻き取ってから一気にアワセ（魚の口に針を掛ける）を入れる。うまくハリ掛かりしたら、根に潜られないように一気にイトを巻き上げてこよう。

【船釣り】

関東地方では、船釣りの対象魚としてもアイナメは根強い人気がある。
東京湾・金沢八景などでは軽めのブラクリオモリ（オモリと釣り針が一体で、着色した物）を使った釣りが、千葉県・外房飯岡などでは15号程度の中通しオモリ仕掛け、常磐では30～50号のオモリを使ったテンビン仕掛けで狙う。
いずれも、アイナメの微妙なアタリを取るために、繊細な穂先と強い引きに耐えられる強い胴をもつ先調子の竿を使う。リールは、浅場のブラクリ釣りでは小型スピニングリール、深場は両軸リールが基本だ。
図は、東京湾の沖釣りでポピュラーなブラクリ仕掛けの例。ブラクリはハリスとハリが固定されたオモリで、市販されているもののほか、中通しオモリを使って自作することもできる。
釣り方の基本は、アンダースローで仕掛けを軽くキャストして、着底後、竿を大きくシャクり（魚を誘う為に竿をしゃくりあげる動作）ながら誘ってくる方法。アタリは竿先に出ることもあるが、イトフケの変化で察知できれば理想だ。十分にエサを食い込ませてからアワセを入れる。

製品例
ブラクリ

煮付け

照り焼き

アイナメの旬は春〜初夏にかけてが一般的だが、関東では初夏〜秋にかけてがのアイナメがおいしいとされる。また、晩秋〜冬にかけての産卵期は身がやや柔らかくなるものの、初冬に橙黄色の婚姻色の出た雄を珍重する人もいる。
アイナメは鮮度が落ちるのが早いため、料理する直前に締めたほうがよい。市場でも、活け、もしくは活け締めは高値で取引され、野締めは安い。料理の直前まで活かしておければ、薄造りにするのが一番だ。小型は刺身にするよりも、煮付けなどのほうが無駄が出ないのでお勧め。そのほか、照り焼きや椀物、潮汁なども合うが、いずれもアイナメの上品な味を壊さないように薄口で仕上げるのがコツだ。
福島県相馬市では、アイナメの味噌たたきが郷土料理として有名。身に味噌を和えて叩くだけのシンプルな料理だが、ねっとりとした身はアジのたたきとはまた違った味わいがある。また、新潟県・粟島の郷土料理である「わっぱ煮」の具にも、アイナメが好んで使われる。