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魚類学者の間では、これまで1種とされていたウミタナゴだが、2007年、従来の「ウミタナゴ」のほかに、体色に青みがかっている型を亜種として「マタナゴ」、赤みがかっている型を別種として「アカタナゴ」に分けられた。さらに、近縁種にオキタナゴ、アオタナゴがいる。
関東や西日本で釣り人が一般にウミタナゴと呼んでいるのはマタナゴであることが多く、関東以南の太平洋岸に分布する。同様にアカタナゴは、房総半島から四国にかけての太平洋岸に、学名でウミタナゴとされている種は北海道中部以南の各地に分布している。
ただし、これらを意識して区別している釣り人は少なく、まとめてウミタナゴと呼ぶことが多い。